C'est à Trois-Rivières, le 18 mars 1963, que Gilles Boulet, prêtre, Pierre Gravel, libraire, Jacques Lacoursière, professeur, Denis Vaugeois, historien, et Mgr Albert Tessier, cinéaste et historien, fondent les éditions du Boréal Express.
La maison atteint vite la célébrité avec son journal d'histoire du Canada, qui marque une date dans l'enseignement de l'histoire au pays. Quelques années plus tard, les éditions du Boréal Express, dont Denis Vaugeois est le seul timonier, publient des livres sur des sujets historiques.
En 1976, quand Denis Vaugeois quitte le poste d'éditeur, la maison compte 54 titres à son catalogue. Elle s'est fait connaître d'un vaste public et a été le lieu de l'affirmation d'une nouvelle historiographie québécoise. Elle se trouve donc en phase avec l'évolution des mentalités, car c'est l'époque où les Québécois, avant de construire l'avenir que leur a laissé entrevoir la Révolution tranquille, veulent sonder leur passé.
Élu député, puis nommé ministre, Denis Vaugeois quitte le Boréal Express et en confie les destinées à Antoine del Busso, à qui se joignent d'abord Pascal Assathiany, puis François Ricard et Jacques Godbout. La maison s'ouvre alors aux sciences humaines et aux sciences politiques en particulier, tout en conservant un important secteur historique sous la gouverne de Paul-André Linteau. Paraissent donc des ouvrages qui rendent compte non plus seulement du Québec d'hier, mais du Québec contemporain.
En 1981, le Boréal Express publie une première oeuvre de fiction. Il s'agit du Canard de Bois, de Louis Caron. Et les années suivantes voient le Boréal Express accueillir des romans ou des essais de Gilles Archambault, de Jacques Brault, de Jacques Godbout, de Jacques Savoie ou de Fernand Ouellette.
En 1984, François Ricard fonde sa collection d'essais Papiers collés, qui rassemblera au cours des ans, entre autres noms, ceux de Jean Larose, d'Yvon Rivard et de Pierre Vadeboncoeur. La même année paraît l'extraordinaire autobiographie de Gabrielle Roy, La Détresse et l'Enchantement.
Jusqu'en 1987, les éditions du Boréal Express ont fait paraître 200 titres tout en gardant une structure très légére. Les moyens sont encore modestes, mais les réalisations éditoriales n'en sont pas moins nombreuses et éclatantes. Pensons à l'Histoire du Québec contemporain, de Linteau, Durocher et Robert, en 1979, qui fait encore aujourd'hui figure de référence et d'autorité dans le domaine, aux Quatre Saisons dans la vallée du Saint-Laurent, de Jean Provencher.
C'est à cette période que la maison inaugure la pratique des coéditions, d'abord avec La Découverte, pour la série des état du monde, pratique qui va s'étendre à des maisons françaises comme le Seuil, Phébus, Flammarion, Christian Bourgois et Grasset.
À partir de 1987, la maison abandonne le qualificatif d’«Express» pour s'appeler tout simplement «le Boréal». Jean Bernier et Hélène Girard se joignent au comité éditorial. Cette époque voit également une augmentation sensible de la production, qui dépasse les 70 nouveautés dès 1990. Le Boréal publie désormais dans tous les genres, sauf celui du manuel scolaire, et compte aujourd'hui plus de 1200 titres à son catalogue. Cela s'est traduit par la multiplication des collections : en 1988, la maison lançait la collection de rééditions en format intermédiaire Boréal compact, qui compte aujourd'hui près de 150 titres et où figurent l'ensemble des oeuvres romanesques de Marie-Claire Blais et de Gabrielle Roy. Dès 1989, on inaugurait un important secteur jeunesse, sous la gouverne de Raymond Plante, à qui succédera Rémy Simard, en 1995, lequel créera la collection «Boréal Maboul». Catherine Germain, à partir de 2002, est l'éditrice des romans jeunesse.
Aujourd'hui, à près de cinquante ans, le Boréal est au coeur de la littérature et de l'édition québécoises. Avec les poésies d'Anne Hébert ou les romans de Marie-Claire Blais, la maison défend le travail des grands créateurs de notre littérature, tandis que toute une nouvelle génération d'écrivains donne forme à la sensibilité contemporaine : Suzanne Jacob, Robert Lalonde, Marie Laberge, Monique Proulx, Hélène Monette, Louis Hamelin, Gaëtan Soucy, Ying Chen, Dany Laferrière. Le Boréal accueille également en traduction plusieurs écrivains du Canada anglais, dont Neil Bissoondath, Margaret Atwood, Alistair MacLeod, Michael Ondaatje et Charles Taylor.
En même temps, la maison continue de publier des essais qui font date, que ce soit des biographies ou des études qui marquent leur domaine, comme Genèse de la société québécoise de Fernand Dumont, ou Genèse des nations et cultures du Nouveau Monde de Gérard Bouchard.
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